mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAACGTGTCTCCTATTTTTAGGGA TCATTTTTAGGGATAAACGTTAAT TCTCATTTTTAGGGATAAACGTTAATGTTTTAGACGAGTCTCCTAAATTTTAGGGACTAATGTCATTTTTAACGTGTCTCCTATTTTTAGGGACC 5 4 3' arm Populus_trichocarpa pmrd MIR478 1e-28 ptc-MIR478s 5e-49 -24.8 ((((.....(((((((..(((((((.......(((.((((.((((.....))))))))...)))....)))))))))).))))......)))).. (-24.80)