mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAACGTGTCTCCTATTTTTAGGGA CTTTTTAGGGATAAACGTTAAT TCTCCTTTTTAGGGATAAACGTTAATATTTTAGACGAGTCTCCTAATTTTTAGGGACTGATGTCATTTTTAACGTGTCTCCTATTTTTAGGGACC 2 6 3' arm Populus_trichocarpa pmrd MIR478 8e-36 ptc-MIR478u 5e-49 -26.6 ..(((((..(((((((..(((((((.......((((((((.((((.....))))))))..))))....)))))))))).)))).....))))).. (-26.60)