mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ACTACTACATCATTGATGTTGAAC TTGGGGTTGATCCTTGTTTAGTTA TAATATGTTTGGGGTTGATCCTTGTTTAGTTATAATAGACCCACACCTGACTGCTTAGAATTATTTGTTATCGCCTATCCGACTACATTATTGACGTTGAAAAACAGAGAACTACTACATCATTGATGTTGAACCATAAA 9 2 3' arm Populus_trichocarpa pmrd MIR480 2e-74 ptc-MIR480b 1e-75 -20.2 ...((((((..(.((..((...(((.(((((.((((((........((((....)))).......(((..(((......)))..)))))))))..(((....)))....)))))..)))..))..)).)..)).)))).. (-20.20)