mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGGACCTCACTTAACAGCTTAAGC TTAAGTGTGTTGGGGTAGTGG GAAGGTTAAGTGTGTTGGGGTAGTGGAGATGGTCAAAGATGTTAGAGAATAATATAAATCATATCCTAGGACCTCACTTAACAGCTTAAGCTA 6 3 3' arm Populus_trichocarpa pmrd 100 ptc-MIR481a 5e-46 -25.1 ..((.((((((((..((((((...(((.(((((.....((((((.....))))))..))))).)))....))))))....))).))))).)). (-25.10)