mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGGACCTCACTTAACAGCTTAAGC TTTCACTTGAGGGGGTGTGTTAG ATCCTAGGACCTCACTTAACAGCTTAAGCTTTTGGGTTGAGATGATTCTTTGACATGATATCAGAGCTTTGATGACCAAGCGGTCACGAGTTCGAATCTCACCATCCCCATTTATTTGATAAAATTAAGCACAAGGTAATGTGAGTCTGTGCAAGTTTCAAGCCCAAAGAGCTTTCACTTGAGGGGGTGTGTTAG 6 3 5' arm Populus_trichocarpa pmrd 100 ptc-MIR481c 2e-108 -50.5 ...((((.(((((.(((((......((((((((((((((((((......(((.(((.......((((((.(.(((((....))))))))))))....(((((.((..((.....((((((...)))))).....))..)))))))...))))))))))).))))).))))))))....))))).))).)).)))) (-50.50)