mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGGACCTCACCTAACAGCTTAAGC TTTCACTTGAGGGGGTGTATTAG ATCCTAGGACCTCACCTAACAGCTTAAGCTATTGGGTTGAGATGATTCTTTGACATGGTATCAGAGCCTTGATGACCAAGTGGTCACGAGTTCGAATCTCACCACTCCTATTTATTTGATAAAAATCAAGCACAAGGTAATGTGGGCCTATGCAAGTTTCAAGCCCAAAGAGCTTTCACTTGAGGGGGTGTATTAG 6 3 5' arm Populus_trichocarpa pmrd 100 ptc-MIR481e 6e-109 -55.8 ...((((.(((((.(((...((...(((((.((((((((((((......(((.(((((.....((((.(((.(((((....))))))))))))........((((.(((.....((((((....))))))....)))....))))..))))))))))))).)))))))..)))))...))..)))))).)).)))) (-55.80)