mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCCACATTCGGTCAATGTTC ATGTTGACCGAATATGGATG GTTTATCACTTGAATGTTGACCGAATATGGATGAAAAGTTGTTTTCTGTTTCCTTTCCTCCACATTCGGTCAATGTTCCAGTGATGAGC 1 0 3' arm Populus_trichocarpa pmrd MIR1444 5e-43 ptc-MIR1444a 2e-45 -40.7 ((((((((((.(((((((((((((((.((((.((((.(..(........)..))))).)))).))))))))))))))).)))))))))) (-40.70)