mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTCACATTCGGTCAACGTTC ATATTGATCGAATATGTATG TTTATCCCTCGAATATTGATCGAATATGTATGAAATATGATGGTTAAATGTTTCATTCACATTCGGTCAACGTTCGAGTGATAAA 4 0 3' arm Populus_trichocarpa pmrd MIR1444 2e-39 ptc-MIR1444c 4e-43 -36.1 .(((((.((((((..((((((((((.((.(((((((((.........))))))))).)).))))))))))..)))))).))))). (-36.10)