mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTCTGAACTCTCTCCCTCAA GAGGTGAGGGGTTCAGAACA CCAATTTCTTCTGAACTCTCTCCCTCAACCGCCACTCTAGAGGTTGGCACCTTGTCAATTGTTTCTGTGTAGCGGTCGAGGTGAGGGGTTCAGAACATGTTGG 1 2 5' arm Populus_trichocarpa pmrd MIR1446 3e-35 ptc-MIR1446b 9e-54 -48.3 (((((...((((((((((.(((((((.(((((.((.(.((((((((((.....))))))...))))).)).))))).)))).)))))))))))))...))))) (-48.30)