mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTCTGAACTCTCTCCCTCAA GAGGCGAGGGGGTTTCGGAAAA CCAACTTTTTCTGAACTCTCTCCCTCAACTGCTATTCTAGAGCTTGTTAATCCTTGTCAAGTGTTTCCCTGTAGCAGTCGAGGCGAGGGGGTTTCGGAAAATGTTGG 1 2 5' arm Populus_trichocarpa pmrd MIR1446 7e-55 ptc-MIR1446e 4e-56 -49.24 (((((.((((((((((((((((((((.((((((((......(((((...........)))))........)))))))).)))).))))))).))))))))).))))) (-49.24)