mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CAGGCTCTAGCCAGGGGCTTGA AGGCTCCTGGCAGGAGTCCTGCT AGTCAGGCTCCTGGCAGGAGTCCTGCTCTCAGCTGGTTCCAGGCTCTAGCCAGGGGCTTGAC AGTCAGGCTCCTGGCAGGAGTCCTGCTCTCAGCTGGTTCCAGGCTCTAGCCAGGGGCTTGACTGCAAGCTGCTCATCGAGAAGGATGGATGCTCCTGAGACCTGCAGTAGACAGAGCCACAAGACACACAGCATTTGCAGGGATGTTGTGGGAATCCCCACAATCATACTCACCTGTTCCTGTTATCTCTGCTTGGAATTATTTAATCCTGCTTTGGCGTTAAGACTGATTATTTCTGAGGCAAGATTAGAGTCCGACTTCAGTTGCAGCAAGGGTGATTCACTTCAGCCTTCAGAAACTGACAGAAACCTGAGACTTCTGTCGTTCCCGTGAAGAACTGTGAAGAACTTCTATATCACGATTACACATTTGAGAAAAATGAAGAGAATATTAACTACAAAGGATTTTTTAATGGTGTATTTTATGAAGGCAAGACAAGACTGTGTATTTCTAAAGTGAGGGGTTATTGAAGGGTAACATACAGAAAAGACAACAATCTAAATAGTTTTTTCCTCCATTAGATAATGTAGTTAGCCCCATATTCACCTTTGAAATTTAGATTTTACAATATTGATTAAGAATTCTCAGTTAATGGGCTTCATTAGGGTTTTGGATTTTTCCAATTAAGGTGTTTTTGGATCCACCAGGTTT 1 1 3' arm Mus_musculus mirnest mir-344 3e-28 mmu-mir-344g 1e-29 -35.8 .((((((((((((((.((((.((((..((.....))...)))))))).)))))))))))))) (-35.8)