mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGCCAAACCCAAGCGTCTTGGGTC CCGAGACGCTTGGGTCTGGTATG TGCCAGACCGAGACGCTTGGGTCTGGTATGTTTGTCAAACCCAAGTATCTAGCGTATGGCATGGCTCAAGTGCCTTGGGTGTAGCAGCCATGCCAAACCCAAGCGTCTTGGGTCTGGTA 1 1 3' arm Populus_trichocarpa pmrd MIR474 0.0004 100 -68.3 ((((((((((((((((((((((.(((((((.((((...(((((........((.....))..(((......))).)))))...)))).))))))).))))))))))))).))))))))) (-68.30)