mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GAGACCCAAGAGAATTGGGTCC ACCCAATTCTCTTGGGTCCTCT CTGAACCCAATTCTCTTGGGTCCTCTGCAGGACCCATTAGCCTTGGGCCCTGATGGGAGACCCAAGAGAATTGGGTCCGG 3 0 3' arm Populus_trichocarpa pmrd MIR474 0.0003 100 -52.4 (((.((((((((((((((((((..(((((((.((((.......)))).)))).)))..)))))))))))))))))).))) (-52.40)