mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GGTTTCCAAGCCAAACTCAA GGGTATGGTTGCAAACCAG TGATATTGGGTATGGTTGCAAACCAGACCCAATAGCGGGAGGTCTGACTACCAAGCCAAACCTAACATGTTTTAGAAGTAATTTGGGTTTGGTTTCCAAGCCAAACTCAATAACA 3 1 3' arm Populus_trichocarpa pmrd MIR474 1e-28 100 -40.8 ...((((((((.(((((..(((((((((((((..((....((..((.....))..))....((((......))))..))...)))))))))))))...))))).))))))))... (-40.80)