mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GTGCTCTCTATGCTTCTGTC CAGAAGATAGAGAGCACAG TGTTGACAGAAGATAGAGAGCACAGATGATGATATGCAATGGACTCTGCATCCCACTCCTTTGTGCTCTCTATGCTTCTGTCATCA 0 1 3' arm Populus_trichocarpa pmrd 100 ptc-MIR156j 1e-43 -43.6 .(.(((((((((((((((((((((((.((((..(((((........)))))..)).)).)))))))))))))).))))))))).). (-43.60)