mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCCTTTGGGGAGATGGAGAGCTT GCTTCCGATCTCCCTCAAAGGCTT ATGGTTGGAGAAGCTTCCGATCTCCCTCAAAGGCTTCCTCTATAATTGCCTTACATGATGGCATTAGTGGACTCCTTTGGGGAGATGGAGAGCTTACTCCCCAT 4 1 3' arm Populus_trichocarpa pmrd MIR477 2e-42 csi-MIR477c 0.00008 -52.4 ((((..(((((((((..(.(((((((.((((((..(((.(((....((((.........)))).))).)))..))))))))))))).)..))))).)))))))) (-52.40)