mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AATATAACACAGATGGCCTGT AGGTTGTCTGTGATGAGTTCG GTACTTGAGGAGAGGTTGTCTGTGATGAGTTCGCTTTATTAATGACGAATATAACACAGATGGCCTGTTTTCAATAC CGGCACGAGGGCTCATCACCTCTGCTGGACAGCTTCAGGTGGTGATTCCAGCTCCAGGGTTGCTGCGGTCAACACTGGGTACTTGAGGAGAGGTTGTCTGTGATGAGTTCGCTTTATTAATGACGAATATAACACAGATGGCCTGTTTTCAATACCACCTGCCACTCCGGTCACTCGGCAGTACATACCAGGTGTCACACCACTGCCCGGCAGGTGACAACGCTGAATTGGTCCTCAGGAGCGGATGTTCAAGGAACCCTGCCTATGCACCATGCTAGCTGCCAGTCCTAGGTTGGGACATTCCACTGGGGACATCCATGGGAGAGCTATGGCCATTAACAAGTCCTGAGCCCTGACCTGAAGCCATCAGTGGCCTAGCTGCTCTACCTGACTTTGTGGCCTCCCTTCCTGGATCTCTCGCTTACGAC 3 0 3' arm Mus_musculus mirnest mir-154 3e-28 mmu-mir-410 2e-38 -25.9 ....(((((((.((((((((((((.((.(((((............))))).)).)))))))))))).)))))))... (-25.9)