mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAGCTTTGGTGGATGGTCTTT GTACCATTGACTAAAGCTAGT CAGCAGGTGGGGTAGGTAGCAGGTACCATTGACTAAAGCTAGTACTATAGGCTTGCCTCTAGCTTTGGTGGATGGTCTTTGCTAAGTTCTCTGCCAACC GGTAACAACGCAGAGTACGCGGGGAGCCGAGGAACAGGCGCGGCTGCGGCGCCATATTGCGGCCCTCAGCGGTCGCCACTGAGCCATGGCCGAGACCTACGACTTCCTCTTCAAATTCCTGGTGATTGGCAGTGCTGGAACTGGCAAATCATGTCTTCTCCACCAGTTTATTGAGAATAAGTGTGAGTTTCTGGCAGGACCCTGGAACTGCGGATGTGGTCATGGTGTGGGTCAGTGGGGCAGCAGGTGGGGTAGGTAGCAGGTACCATTGACTAAAGCTAGTACTATAGGCTTGCCTCTAGCTTTGGTGGATGGTCTTTGCTAAGTTCTCTGCCAACCCAGCAGTGAGAATTGGGGTACAGAAAAGGAGGAAGAGGTCTGAGGATGGGGGGGGATTCCAGGAGCCCCTGCACTGCCCCCCCACCCCGTTTCCCTCCTACTCTCAGTCAAACAGGACTCCAACCACACTATCGGCGTGGAGTTTGGATCCAGGGTGGTCAACGTTGGGGGGAAGACTGTGAAACTACAGATTTGGGACACTGCTGGCCAG 2 0 3' arm Mus_musculus mirnest 100 mmu-mir-3101 8e-45 -40.6 .....(((((((....(((((((.((((((.(((((((((((......(((....)))))))))))))).)))))).)))))))....))))))).... (-40.6)