mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GGTACCATTGACTAAAGCTAG ACCTTTGGTGGATGGTCTTTG GTAGGTAGCAGGTACCATTGACTAAAGCTAGTACTATAGGCTTGCCTCTACCTTTGGTGGATGGTCTTTGCTAAGTT GGAAGGCGGAAGTGGCGGCGCCGGGTCCAGAAGTGGAAAGGAGCTGAGGCTGCAGCCCGAGTGGAGCGGCTGCCAGCCGAGGAACAGGCGCGGCTGCGGCGCCATATTGCGGCCCTCAGCGGTCGCCACTGAGCCATGGCCGAGACCTACGACTNTCTCTTCAAATTCCTGGTGATTGGCAGTGCTGGAACTGGCAAATCATGTCTTCTCCACCAGTTTATTGAGAATAAGTGTGAGTTTCTGGCAGGACCCTGGAACTGCGGATGTGGTCATGGTGTGGGTCAGTGGGGCAGCAGGTGGGGTAGGTAGCAGGTACCATTGACTAAAGCTAGTACTATAGGCTTGCCTCTACCTTTGGTGGATGGTCTTTGCTAAGTTC 3 0 5' arm Mus_musculus mirnest 100 mmu-mir-3101 5e-36 -24.7 .....(((((((.((((((.(((((((.(((......(((....)))))).))))))).)))))).))))))).... (-24.7)