mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TACCTTTGGTGGATGGTCTTT GTACCATTGACTAAAGCTAGT TAGGTAGCAGGTACCATTGACTAAAGCTAGTACTATAGGCTTGCCTCTACCTTTGGTGGATGGTCTTTGCTAAGT GGAAGGCGGAAGTGGCGGCGCCGGGTCCAGAAGTGGAAAGGAGCTGAGGCTGCAGCCCGAGTGGAGCGGCTGCCAGCCGAGGAACAGGCGCGGCTGCGGCGCCATATTGCGGCCCTCAGCGGTCGCCACTGAGCCATGGCCGAGACCTACGACTNTCTCTTCAAATTCCTGGTGATTGGCAGTGCTGGAACTGGCAAATCATGTCTTCTCCACCAGTTTATTGAGAATAAGTGTGAGTTTCTGGCAGGACCCTGGAACTGCGGATGTGGTCATGGTGTGGGTCAGTGGGGCAGCAGGTGGGGTAGGTAGCAGGTACCATTGACTAAAGCTAGTACTATAGGCTTGCCTCTACCTTTGGTGGATGGTCTTTGCTAAGTTC 3 0 3' arm Mus_musculus mirnest 100 mmu-mir-3101 8e-35 -24.7 ....(((((((.((((((.(((((((.(((......(((....)))))).))))))).)))))).)))))))... (-24.7)