mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CAGTCTTACTATGTAGCCCTA GGGCTACATAGTGAGAACCTGCC ATAGCAACATCTAAGCCAGCCAGGGCTACATAGTGAGAACCTGCCTCAAAAGCAAAACAGCAGTCTTACTATGTAGCCCTAGATGGCCTAGAACTCCCTA CCAGAATTCCCAAGGTCACAGTCTCAGAAACTATTTGCAGATGGCAAAATCATACCCCTGCTACAGCATGAAGCAAATCCCAGCTGCTGTGGACAGCCCATATTCCACACCTGGGATTAAAATGAAAACATACTCCCATAATATTTCTATGTTTTTCAAAGAAACCAAAATTTTTGCTACAGAGTCATGACCCCTTTGGGTGTCAAAAGACCCTTTCACAGGGATTGCCTAAGACCATCAGAAAAAATATATATTTACTTTATGATTCATAATAGTAGCAAGATTATAGTTATAAAGTAATGATGAAAATAACTTTATGGTTTGGGGTCACCACAACATGAGGTTATTATTCAAGGGTTGCAGCATTACAAAGGTTGAGAACCACTGAGATAGAGGTAGCTGATCTGTGAGTTTGGAACCAGCCTGGTCTACATAGCAACATCTAAGCCAGCCAGGGCTACATAGTGAGAACCTGCCTCAAAAGCAAAACAGCAGTCTTACTATGTAGCCCTAGATGGCCTAGAACTCCCTATGCAGTAGGCCAGGTTGGCCTTTGCTTCCTGTGTCCTGGGATTAAAGGCCTGTTCCTACATGCCTAGCCTAGAAGGCTCTTGGTAGTAACTCAGACCCTAGTCGTGGCCCTCCCACCTGAATGTGACATCCACTGGTCTTTCTTTGGGGGAATTGTTAAAGACACTGTCAGTTCACAGAGCAGGACTTAGCCCAGCTTCCTTCTCCTTGGCACACTCAGACTACCCCGTCTACCTGACCGCTGTGCTGGCCTTTCAGATACTGAGACTGAGGTGCCAACGACAGCCTTGAGCTAAATGATGATCACTCTCCTTGAGCTGGCAAGATGGCTTAATGGGTAAAGGTGCTTGTCAAGCCAGATGAC 1 2 3' arm Mus_musculus mirnest 100 mmu-mir-1191 5e-52 -39.3 .........((((.((((...(((((((((((((((((..((((...............)))))))))))))))))))))...)))).))))........ (-39.3)