mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTAGAGACGGGGTCTTACTG GGAAGATCCTGAATTTACATA CAGACCGAGGCAGGAAGATCCTGAATTTACATACCTTATCTCAAAAAAACAAACAAACAAAAAAATTAAAACAGGTTATATATGTTTGTGTATAGAGATTTATATAACTGGCTTTTAGAGACGGGGTCTTACTGCATAGTCCT CCAGAACAATGTTTTTTGGGTCCAAGGACCAGAACACTCGATGGATGAGTGGCATTGTTGGCTCATTTGTGCCAATGCAGCTGGTCCATGTGTTCACTGCCAGTCAGCTTTTCCTACGGTGGCCATAGAGTCCTTGTCTCTAGAGTCACTCTCATATGTCCCATTGAGATGACATCAAACACAGCAATAGATGGGGGTTTTCTGAATAAATGACGAACCCATATGAAAAGCCACTATCATTTTTAAAAAACCAATAAAATCTGCCTGGGGAGTGAAACAGTGAAAAGCCCCAGCTCGAGGTAAGGCAGCAGCACAGAAGGGTCCCTACCTGCTTCATGTCACATCGGGACTTTGTAATAGCTCGAGTCGGAAGCTGTCCTTCTACAGCCAGGCTGGCTAGCGCACACCTGTAACCTTGGCACTCAGCAGACCGAGGCAGGAAGATCCTGAATTTACATACCTTATCTCAAAAAAACAAACAAACAAAAAAATTAAAACAGGTTATATATGTTTGTGTATAGAGATTTATATAACTGGCTTTTAGAGACGGGGTCTTACTGCATAGTCCTGGCTGGCCTCCAACTAGCTTTGTCCACCTTATTGTCCTGAGGTCACAGGGGTTCCCCTTCCTCTGTCTCCTAAATGCTGGGATCAAAGGTGTAAGCTATCTCACCCAGTTGAGACCATAATTTTTTTGGCTCTGCTACTACCTAAACGTGAGTCTTTAAACTGGTGGCTGGTCAAACCAAGCTGGGAAATTCTTTTGTTTTTTTCCTCTCACCAAAGCAATTTTTTATTTTGAGGCCAAGGGAGAAAA 5 0 3' arm Mus_musculus mirnest 100 100 -27.7 ..(((....((((.(((((((((..((((....((..(((((......((((((((((................))).....))))))).....)))))..........))....))))..))))))))).))))...))).. (-27.7)