mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCAAGAGCAATAACGAAAAAT TTTTCATTATTGCTCCTGACC AACCGAGAAACAGATTGGAAAAGATTTCTTTTGGGCGGGGGTCAAGAGCAATAACGAAAAATGTTTGTTTTTCGTAAACCGTTTTTCATTATTGCTCCTGACCCCCTCTCATGGGTTATAGCCAGTCGAGTAAGTATGCAT AATTACTTTTCTCTTTTGAGCGCCCCTAGTGTCAGGTAAGCTATATAGTATTTCGAGATCTATCTATACCTTTGTTTCCCCCACGCCCCACCCCATTCCCAAATTCATGCACTATTTTCCGTGATTTGTTATATGTAGCTGATAAGATTGACTTGATGACTGCTATTTAATTACCACACTCAGGATATTCAGTTATATTTTAACCTTCATTATTTCATTTTTCACTTAATTTTTACAACAGCATTTGGAGATAGGTGCCATTAACCTCATTTTATAGCTGAAGAAACCGAGAAACAGATTGGAAAAGATTTCTTTTGGGCGGGGGTCAAGAGCAATAACGAAAAATGTTTGTTTTTCGTAAACCGTTTTTCATTATTGCTCCTGACCCCCTCTCATGGGTTATAGCCAGTCGAGTAAGTATGCATTTTTTTTTTTATGTTGGCTTGTTGTTCTTTCCCCAGACTTGATATTC 2 0 5' arm Mus_musculus mirnest mir-335 6e-25 mmu-mir-335 1e-50 -49.4 ............((((((.....((..(((.((((.((((((((.(((((((((.((((((((((((.......)))).)))))))).))))))))).)))))))).)))).)))..))..))))))..(((....))).. (-49.4)