mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGCTGCTGCTACTGTCGATG TTGGTGGAGGTACCGGTAGG AGGCATTGGTGGAGGTACCGGTAGGCGGTGTTGGCTGCTAGAAGAAGAAGAAGAAGCAGTCAGCGTGGTTGGAGCTGCTGCTACTGTCGATGACT 5 0 3' arm Populus_trichocarpa pmrd 100 100 -34.96 .((((((((..(.((((.((((.(((.((((((((((((...............)))))))))))).)))...)))).)))).)..)))))).)) (-34.96)