mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGGCTCCACCACCATACCCA GGTCTGGTTGGTGTCGCTAGAC CCAAGGCATGGGTCTGGTTGGTGTCGCTAGACTCAATTGCCTTGCCCACCAGACTGAAGGATATGGGGTCTGGCTCCACAGCAAGACCTAATTGCATTTGAGTTTGGCTCCACCACCATACCCAATAGCTTTGG 3 1 3' arm Populus_trichocarpa pmrd MIR474 0.00003 100 -62.5 (((((((.(((((.((((.((((..(((((((((((.(((........((........)).....((((((.(((....))).))))))....))).)))))))))))..)))))))).)))))...))))))) (-62.50)