mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGGTGATAGAAGATCCAGCAC GCTGGATCTTCTACCACTAAT GTTTTATAGGTGCTGGATCTTCTACCACTAATCATTAACTTCTTGAACTCTGGATAAGGGAACATTAAGGTGAATGTGTAATCACCCTTGGTGATTGGTGATAGAAGATCCAGCACCTGTAAAAC 1 0 3' arm Populus_trichocarpa pmrd 100 100 -64.7 ((((((((((((((((((((((((.(((((((((((((.........((((.....))))........(((((........))))).))))))))))))).)))))))))))))))))))))))) (-64.70)