mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTACACACAACTGAGGATCATA TGATGCTCAGTTGTGTGTAGAT GTACAATGTCTGCAGGTAGAGTCAGAATTCTCATCAGGCTGTGATGCTCAGTTGTGTGTAGATTGAAAGCCCTAATTTTACACACAACTGAGGATCATAGCCTGATGGTTCCTTTTTGTTTTACTCTTAAGTCCAAA TATTCCCATATAATCAGTTCCATGATGAATTTTTTGCAAGAGCAAGTAAATTTACCAATATTTCTAAGGTTGCAACATACCTTAGTATCTAAGCCATTCTTTCTATGTGAACTAAATCTTTAGAATTTCATGAGAAAATTAACTTTAAAGTTTGAAAATGTTTTTTAAGTCTGTGAGTAAAGAAATACTTAAAATTATTTTGGTGGTTCTGTTTGACTTCTCATCACTTTTTGGCAACTCTTAATTTTTTTAGGGCAGCCAGGGGAATGTCCTTCCACCTGTTTGACCTGCTTTAGGCTGAGGAAAATGATGGTGAGGGCAGGGGTTTCTTACTGTACAATGTCTGCAGGTAGAGTCAGAATTCTCATCAGGCTGTGATGCTCAGTTGTGTGTAGATTGAAAGCCCTAATTTTACACACAACTGAGGATCATAGCCTGATGGTTCCTTTTTGTTTTACTCTTAAGTCCAAAATACCAGTCAGAGATATTTAAGTGCTTCTGCAAAAACTGTTATTTTATTGACAAAAAATATTTGTACAAAATAGGTTTACTTTATTAAATATTTAGTGCTTTACTACTATGTATAAAGTACTTGTGGAAGAATTCATATGTTTTTACAGATGGAGAAACTTGATGTGGTTTAATAACATTTCCTGTGTTTGCTCTTTACATGGGGTTGGCGGGG 1 0 3' arm Sus_scrofa mirnest 100 hsa-mir-3941 1e-53 -51.3 (((.......))).(((((((.(((((...(((((((((((((((.((((((((((((((((..............)))))))))))))))).))))))))))))))).....))))))))))))............ (-51.3)