mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TATATATACACGCACACACAT GTGTGTGTGTGTATATATATG ACACGTATATACACTCTTAGGTGTGTGTGTGTGTATATATATGTATATGTATATATATATATACACGCACACACATTTGTATGTATATAAAATGA AATGTGTGCATATATATATATATATATACACGTATATACACTCTTAGGTGTGTGTGTGTGTATATATATGTATATGTATATATATATATACACGCACACACATTTGTATGTATATAAAATGACTGGGTCACTTTGCTGTATAGCAGAAATTGACAAAACAATGTAAATCAATTACAATATAAAAAATAATTTTTTTAAAAAAAAAGGATAAAATAGGGGAGTTCTCGTCATGCTGCAGTGGTTAACGAATCCAACTAGGAACCGTGAGGATACGGGTTTGCTCCCTGGCCTTGCTCAGTGGGTTAAGGATCTGGCATTGCCGTGAGCTGTGGTATAGGTTGCAGACAGGGCTCGGATCCCGAGTTGCTGTGGCTCTGGTGTAGGCTGGCGGCTGCAGCTCCGATTGGACCCCTAGCCTGGGGACCTCCATATGCCATGGGAGCAGCCCTAGAAAAGGCAAAAAGACCAAAAAAAAAAAAAAAAGGATAAAATAGGAATACTATGAACAACCCAACCCTCTATCTACATATCTGATAATCTAAATGAAACAGACTTGAAATACATAAGCTACCAAAACTCACACAAGAAGGAATAGAGAATCTGAATAGATCTATATCTATTAAAGAAATTTAATCAACAGTTTTTCAAAACAGAAAGCAACAAGCCCATATGGGTTCATTGGTGAAATCTACCAAATATTTAAAGAAGAAATTA 0 0 3' arm Sus_scrofa mirnest 100 100 -40.5 .....((((((((....(((((((((((((((((((((((((((((....)))))))))))))))))))))))))))))..))))))))...... (-40.5)