mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGCCGCCCAAGTGTCAGGTG CGTGGCGCTGGGGCTGCCAT CCCAAGCGCCACGTGGCGCTGGGGCTGCCATAGCCAATCGAGCCTTTTGCCAAGACCCAAGCGCCAGGTGGCGCTGGTTCTGCCCCTCGTACTGGAGCCGCCCAAGTGTCAGGTGGCGCTCGGG 4 0 3' arm Populus_trichocarpa pmrd 100 100 -68.1 (((.((((((((.(((((((.((((.((.....(((..((((......((..(((.(((.(((((....)))))))).)))))..))))...))).)).)))).))))))).)))))))).))) (-68.10)