mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGGGAATCTTGATGATGCTG GCATCATCAAGATTCACAAG TTGCCTATGGAGCATCATCAAGATTCACAAGCTTTATTAGGGCTAGTGTGTGGTGATGATGGTGGCTTTTGGTGGTCCCTTTTTTTCAATCCAATAGCCCTTTGAATTGGGAATCTTGATGATGCTGCAGCGGCAA 2 0 3' arm Populus_trichocarpa pmrd mir-172 2e-59 ptc-MIR172g 8e-61 -59.3 .((((..((.((((((((((((((((.(((..((((..(((((((.....((((((.((.((.((((......))))))...)).)))..))).))))))).))))))).)))))))))))))))).))..)))). (-59.30)