mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CATTGGACTGAAGGGAGCTCC TGCTCCTTTTAGTCCAATACG GGAGGGGCTGAGGTGCTCCTTTTAGTCCAATACGGAGGGCTGAGAAGCGGCTAGAGCTGCCATCTCATGCATTTAGGCAATGCTTAACATTTGACGAAGAGAGGTTAAGCTTGGCCACTTGCATGGTGTGGGAGCAACTCCTTCCGCATGCTTTGCTCGCCCATTGGACTGAAGGGAGCTCCTGGTTTTACC 2 0 3' arm Populus_trichocarpa pmrd MIR159 7e-78 ptc-MIR319e 1e-106 -92.1 ((..(((((.(((.(((((((((((((((((..((.((((.(((..((((...(((((.((((..((((((....(((...(((((((.(((.....)))...)))))))...)))...))))))..)))).)))...))...))))...))).)))).)).))))))))))))))))).))))))))..)) (-92.10)