mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AACCGCTGCCTCCAGTGTCT CGCTGGATGCAGAGGTTTA GGAAGCGCTGGATGCAGAGGTTTATCGATCGGTTCATGTTTTTCGTGCTAAACAAAAAATTGGCCAGGAAGAGATCGATGAACCGCTGCCTCCAGTGTCTTCC 2 1 3' arm Populus_trichocarpa pmrd MIR162_2 2e-45 ptc-MIR162a 9e-54 -50.6 ((((((((((((.((((.((((((((((((..(((.((........(((((........))))))).)))..)))))))))))).)))).))))))).))))) (-50.60)