mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGAAGGGTTTGGAGGATCGG AGATGTTCAAAAGCTTTTCTAAG AGAATTAGAAATTGAAGGGTTTGGAGGATCGGAACATGAAATTGCATTTGTGAAGCCACTACTCAATTGGATGACAGTGCTGAAAACCATGACAATTACTTTCAATCGTTTAGTCACTGAAACTAAGGCCAAGGAGTTGTTCCAGATGTTCAAAAGCTTTTCTAAGCCTAGCGT GAATTCGGCCATTACGGCCGGGGGGTAAATAACTTGCAGTACTTGATGGAAGACATGACAATGCTCCCTGATGTTACAACTTTGCTTCTGCATGTAACGTCCAGGGGACATTCCTTCGGGGCCTGCTCATTCCATGTTCTAAGGATTTGTTCCGGCATAAAACGGCTGATGCTGGATTTATCTTCTTGCTTGGAAGTGGAGGTTCAAACTGTATGCTCATCAGATTGCATTTGTGATCAGCCAACAAACTGGAAAACAGAGGAGCTGTTGTTGAATCATCTCCAAGAATTAGAAATTGAAGGGTTTGGAGGATCGGAACATGAAATTGCATTTGTGAAGCCACTACTCAATTGGATGACAGTGCTGAAAACCATGACAATTACTTTCAATCGTTTAGTCACTGAAACTAAGGCCAAGGAGTTGTTCCAGATGTTCAAAAGCTTTTCTAAGCCTAGCGTATGCATGAATTTTTACATTTGTCAGGAATTATGTAAGGTGCCGTATGCACCTGAAGACTAAAGTTACTTAGTTGCCGTATTAATCGTTGGACCCTGTTTCCATTTATAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACATGT 4 2 5' arm Cynodon_dactylon mirnest 100 100 -35.9 .............(((((((((.(((.(((((((((((...((((....))))...))..((((..((((....((((((((((.....(((.........)))....))))).))))).........)))).)))))))))).))).)))..)))))))))...((...)).. (-35.9)