mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTGCAACTCCAAGCCCAAGAG CTTGGGTTTGTTGTTGCAGCC CCAACGCTCTTGGGTTTGTTGTTGCAGCCAAACCCAAGGTTCTTGGGCCTGACGTTTCAACCACACTCAACGCTCTTTAGTCTGGCTGCAACTCCAAGCCCAAGAGCCTTGG 2 0 3' arm Populus_trichocarpa pmrd MIR474 1e-50 100 -56 ((((.(((((((((((((..((((((((((..((((((...))))))...((((((............)))).)).......))))))))))..))))))))))))).)))) (-56.00)