mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGAGATTGAGAGCTTACTCC AGAAGCTCCCAATCTCCCT ATGGTTGGAGAAGCTCCCAATCTCCCTCAGAGGCTTCCAATATCTCAGTTTATAGTAATTGCTTCAAATAATGAGAATGTTGGATGCCTTTGGGTGAGATTGAGAGCTTACTCCCCAT 2 1 3' arm Populus_trichocarpa pmrd MIR477 7e-46 ptc-MIR477b 6e-43 -60.4 ((((..((((((((((.(((((((.(((((((((.((((((((((((((((..(((....)))..))))..)))).)))))))).))))))))).))))))).)))))).)))))))) (-60.40)