mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GATGCCTTTGGGTGAGATTGAGAG CCCAATCTCCCTCAGAGGCTTCCA GGAGAAGCTCCCAATCTCCCTCAGAGGCTTCCAATATCTCAGTTTATAGTAATTGCTTCAAATAATGAGAATGTTGGATGCCTTTGGGTGAGATTGAGAGCTTACTCC 3 0 3' arm Populus_trichocarpa pmrd MIR477 6e-46 ptc-MIR477b 5e-43 -57.2 ((((((((((.(((((((.(((((((((.((((((((((((((((..(((....)))..))))..)))).)))))))).))))))))).))))))).)))))).)))) (-57.20)