mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATATATACACACACACACACA TGTGTATGTGTGTGTGTATAT ACAAACAAAATAGGGGTATATTAAGGCAGAGCCATATATATATATGTCTGTGTGTGTATGTGTGTGTGTATATATATATATGTATATATATATATATATACACACACACACACACAGATACATATATACATCTGACCCTCTGCATATATCTTTTATACATTTC TTTTTCCCAGAGAATAAATACTTTATTAACTGATTACAGTTGAAAGTCACAAACAAAATAGGGGTATATTAAGGCAGAGCCATATATATATATGTCTGTGTGTGTATGTGTGTGTGTATATATATATATGTATATATATATATATATACACACACACACACACAGATACATATATACATCTGACCCTCTGCATATATCTTTTATACATTTCAGCCTCGTGCTTTCTTTTCTTCTCAAATAAATATACACACCCTAACAAAAATAACTATATCTAACTCTGATAACTACTCACTCGATCGAGGGGGGGGGCGCGGCCCAGAGTGTTTTTTCCCTTCAGAGAGAGAAACACNCATATTCCATGTTGGTGTGGAAACCTGACAACTGATCATTTTCTCTTTTCCAAAAAAGCTAACAACATAATTCTTAAAAATGATTTTTACATCTTAACTACAATAAACCTGGACTTTCAAA 1 0 3' arm Sus_scrofa mirnest 100 100 -61.2 .........(((((((.((((....((((((.((.((.(((((((((((((((((((.((((((((((((((((((((((....)))))))))))))))))))))).)))))))))))..)))))))).)).))...))))))..)))))))))))....... (-61.2)