mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GTGCTTGGACTGAAGGGAGC TTCCTTCAGTCCACTCATGG GAGCTTCCTTCAGTCCACTCATGGACGGGCGAAGGGTTTGGATTAGCTGCCGACTCATTCATTCAAACACAGTAGACAAGGAGTGGCAGCGGCTGCTATTGTGAATGTGTGAATGACGCGGGAGATTAATTTCATCCTTTTCTTCTCTGTGCTTGGACTGAAGGGAGCTC 2 0 3' arm Populus_trichocarpa pmrd MIR159 3e-92 ptc-MIR319d 2e-93 -82.4 (((((((((((((((((..((((((..((.(((((((..(((((((((.(((..((((((((.((..((((((((...((..((....))..)).))))))))..)).))))))))..))).)).))))))).))))))).))..))))))..))))))))))))))))) (-82.40)