mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGTGGCTGTGGTGTAGGCCAGC TGGCCTACGCCACAGCCACAGC GGCTAGGGGTCAAATCAGCGATGTAGCCGCTGGCCTACGCCACAGCCACAGCAATGCCAGATCCGAGCCGTGTCTGTGATGCCAGACCCTCAACCCTGGCCTCTCTCAGTGGGTTAAGGATCCTGCATTGCTGTGGCTGTGGTGTAGGCCAGCAGCTATAGCTCCAATTTGACCCCCAGCCTGGGAACCTC GGCTAGGGGTCAAATCAGCGATGTAGCCGCTGGCCTACGCCACAGCCACAGCAATGCCAGATCCGAGCCGTGTCTGTGATGCCAGACCCTCAACCCTGGCCTCTCTCAGTGGGTTAAGGATCCTGCATTGCTGTGGCTGTGGTGTAGGCCAGCAGCTATAGCTCCAATTTGACCCCCAGCCTGGGAACCTCCATATGCTGCTAGTGAGGCTCTAAAAGGC 0 0 3' arm Sus_scrofa mirnest 100 ssc-mir-4331 7e-16 -111.7 ((((.((((((((((.(((..((((((.(((((((((((((((((((((((((((((..(((((.((((....(((.((.(((((..........))))).))...)))..))))..)))))..))))))))))))))))))))))))))))).)))))))))...)))))))))).)))).......... (-111.7)