mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGACCCAAGTGATTTGGGTCT ACCCAAGAGACTTGGGTGTGG ACCAGACCCAAGAGACTTGGGTGTGGCACTAATCCAGATTCAAGAACCTTGGGTCTGACGGACATGCTAGATTTAAGAGCCTTAGATCTCGCGCCAATTCAAACCCAGAGATTTGGTCTCGCGATCATGCCAGACCCAAGTGATTTGGGTCTGGT 3 0 3' arm Populus_trichocarpa pmrd MIR474 0.0006 100 -70.9 ((((((((((((..((((((((.(((((......((((((((((...))))))))))..((....((.(((((((((...))))))))).)).))............(((((...))))).......))))).))))))))..)))))))))))) (-70.90)