mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATTAACCCTAAGGGACCCCCT GGGGGTCAGTTAGGGTTTCTTT AGTCCACCTAAGGGGGGTCAGTTAGGGTTTCTTTAAATGACTCTAAACTTATATTAACCCTAAGGGACCCCCTTAGGTGGACT 5 1 3' arm Populus_trichocarpa pmrd 100 100 -45.2 ((((((((((((((((.((..((((((((....(((.(........).)))....))))))))..)))))))))))))))))) (-45.20)