mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AAAAATATTGGTTTCGTTTTT AAACAAAATTGTGTTTTTCTTT TCTAAAATGAAAAAACAAAATTGTGTTTTTCTTTCTTGGTTTACCTTGAATTGAGAAAAAAATATTGGTTTCGTTTTTTCACTAAGA TTTTTGCCAGATACAGAATCAAACTTTTATTTTTAATGAATAAGTCACAAAAGGAAAGACAAAAAATAAGTCACAAAAGGAAAGACAAGGATCCGGCTTTGCCACAGTTTTGGTTCAGGCTGCAACTGTGGCATGAGTTCAATCCCTGGCCTGTGAATTAAAGGCATTAGCCTTTAATATGATAAACATCTACAATACTGGAGATATTTTCAATTCTAAAATGAAAAAACAAAATTGTGTTTTTCTTTCTTGGTTTACCTTGAATTGAGAAAAAAATATTGGTTTCGTTTTTTCACTAAGATGTAAAATGTTATATTTTCCTATTGTGATGTTCAGTAAAAGTTTACCTTTGAACCCTTTAAAGGCAAAGTATTTTATTTTATTCTGTTTAATAGTCCTCAAAATTCTTCAGTGGATAAAATACCTGCAGAATAATTTTTAAATTTTTTATTTTTTAAATTTTAATGAAGTATTGTTGACTTCTACCCATTCTTTTTCAGATTCTTTTCCATATCACAGAATAATGAGTTCCCTGTGGTATATAGCAGGTCCCTGCTGACCATCCACTTCATATGCAATAGTGAGTATATATCAATCCCATACTGCGAATCCATCCCTCCCTCCACCTGTCC 5 1 3' arm Sus_scrofa mirnest 100 100 -20.9 .......(((((((((.((((((....(((.(((((((((((.....))))))))))).)))...)))))).)))))))))...... (-20.9)