mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGGTTGTTTTGTTTTGTTTTG TTTACATTTAAAGTAACTATT TAGTTGGATCTTGGTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTTTAAAATCCATCCAGTCCTTTGTCTTTGATTGAAGAATTTAGTCCATTTACATTTAAAGTAACTATTGATAGATG TTTAAAGTTTATTTTGTCTAGTATAAGTATAGCTACTCCAGATTTCTTTTGGTTTCAGTTTTCATGAAATATCTTTTTCCATCCCTTCACTTTGAGTCTGTAATGTTCTCAGGTCTGAGGTGAGTCTCTTGTAGGTAGCATGTAGTTGGATCTTGGTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTTTAAAATCCATCCAGTCCTTTGTCTTTGATTGAAGAATTTAGTCCATTTACATTTAAAGTAACTATTGATAGATGTGTTATTGCCATTTTAATTGTTTTCTGGCTGTTTTGTTGTTTCTCTGTTCATTTTTTCTATTCTTTTGTGGTTTGATGACTTTCTTTAGTGATATGATTAGGTTCTCACTATCTTTTGTGTATCTAAGATTTTGCTTATTTGATACTATGCAGCTTACATATAACAATTTGTATTTATAACATTCCTTTTTATTTTTTTGGCCATGCCCAGAGCTCAAAGAAGTTTTCAGGCCAGGGCTTGAACCCTGGCCACAGCAGTGACAATTCCAAATCCTTAACCACTAGGCCACCGGGGAACTCCTTATAGTTCTTTTTTATATCGATACCGACTTAAGTTTGAACACATTGTAAAGATCTACATATTTACTCTCCCTTCCCAGCTAGTTCATGGTTTTGATGTCACATTTTACATTTATCTTGTGTATCATTTAAGTAATATTATAGTAACATCATTTTTACTATTTTGTCTTTCACCTTCAT 4 2 5' arm Sus_scrofa mirnest 5S_rRNA 0.00002 100 -15.8 ..(((..(((.(((((((((((...(((..((.....(((((.((....(((((..........)))))..)).)))))..))...)))..)))))))))))..))).))). (-15.8)