mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGAAAGACGATGGCAGTGAGA TTTTTGTTTTTGTTTTTGGTC GACTAGTCTGTGGTGAAAAGGAGAAAGACGATGGCAGTGAGAAAGAGATGTAACCCTTTGCTTTCTTGTTAAAGAGTGTTTTTTTGTTGTTGTTGTTTTTGTTTTTGTTTTTGGTCTTTTTGCCTTTTCTTGGG CTGCTGCCCATCTGATTTCCTTTGGAAATCTCCCCAGCCCATGTTAGAGGTGCTGAAGGATTCGTTTAGGGAAGCGTTTTATTTACCTTTATAAGTAGCATCTTTAAGTGGGTCTAGAAGAGGGGTAGTTTCTAAAAATTTATATGTATGTCATTTATGAAATGTCTCCATGGACTCTTCACTTCCTTTTTATAAATATGCGGCACTTATTAAAATTTACAAATTGTAGAATTAATAGGATTTTGTTGTTACGCTTCCATCGCTTTGACTGACTGCATTGTCTTAGTAGCACGATAAACCCGAGAAAGATCAGGAAGTTCCCACGTGGCGCAACAGGTTGAGGATCTGGCGTTGCCGCAGCTGTGGCGCGGATTCAATCCCTGGCCTAGGAACGTCCACCTGCCTGTGGTTGCGGCCCCTGAAAAAAGAGTGAAAGAAAGGTCTGTCAGCTTAAATGTATCAGTTGCTTATTCACTGAGCAACAGACAGTAAGTCCCCACCAGGTAGCAGACACGGGAGGGTTCAGGTCGTGGGCAGGAACCAAGGTAATCGTTATTAACTTTAGAGAGTGTAGCCTGTACGGGGACTAGTCTGTGGTGAAAAGGAGAAAGACGATGGCAGTGAGAAAGAGATGTAACCCTTTGCTTTCTTGTTAAAGAGTGTTTTTTTGTTGTTGTTGTTTTTGTTTTTGTTTTTGGTCTTTTTGCCTTTTCTTGGGCCACTCCAGTGGCATGTGGAGTTTCCCAGGCTAAGGGTCTAATTGGAGCTGTAGCCACCGGCCTACGCCAGAGCCACAGCAACACGGGATCCGAGCCGCACCTGCAACCTACACCACAGCTCACGGCAATGCCGGATCCTTAACCCACTGAGCAAGGGCAGGGACCGAACCCGCAACCTCATG 5 0 5' arm Sus_scrofa mirnest 100 100 -28 ..((((.....((((((((((..((((((((.(((((.((.((...((((.........((.(((((....))))).))........)))).)).)).))))).))))))))..)))))))))).....)))). (-28)