mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CCAGACCCAATAGTCTTGGA CAAGAATCTTGGGTTTGGCT TATACCCAAGAATCTTGGGTTTGGCTGCAACGCCTGACCTAAGAGTGATATTTATAATATTAATAATAATATTAAACTTGCATGACCCAAGTTTAAATGGGTCTAGCTGCAATACCAGACCCAATAGTCTTGGATGTG 4 0 3' arm Populus_trichocarpa pmrd MIR474 0.0000005 100 -47.8 ((((.((((((...((((((((((.((((..((..((((((....((((((.....)))))).........(((((((((.......))))))))).))))))..))))))...))))))))))...)))))).)))) (-47.80)