mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTTGGGACGGAGGGAGTATT TACTCCCTCCGTTCCATTATA TGGAAGTTGTCTCATCAACGCTAAATTTATGCTACTCCCTCCGTTCCATTATAATTGGCATTCTAGCCCTGAGCACGAAGATTAAGAAGAGAAGGAATAAAGTAGATGCGCAGGAAACGAGGAAGAGAGAGATAGAGATAGAGATGTATTGGGAAGAGAGAGAGAATGACAATTATTTTGGAAAAACTGGAGATGGCTAGAATGTCAATTATTTTGGGACGGAGGGAGTATTGTCTAATTTTAGCTTTGATCTCTGAACTG AGAGATACATTGTGCCTTACCTTGAAGAAAACCGTCAACCATTCCACCGATCATTTCTGATCTGCTAGGTGCGACCAGGCGAGCCCTTAATCTGCAGGAGAGTGAGGAGCCACCGTTGCTTGACTCCTCATCATCGTGACCAATCTTCTTCCCTGGCACGGATTGGCACCTCCCTGCCGTTTCCATGGATGTTTATGTACTAGTGCGATTGATTGATGCTGTCTACGATCTGCTTTGTAGATGAACAGCTAAAGAAACCTATGTGTATTTTGCCTGTTGTGTTCTTGTCATGCAACGAGGCATTTATCTTTCGATGGAAGTTGTCTCATCAACGCTAAATTTATGCTACTCCCTCCGTTCCATTATAATTGGCATTCTAGCCCTGAGCACGAAGATTAAGAAGAGAAGGAATAAAGTAGATGCGCAGGAAACGAGGAAGAGAGAGATAGAGATAGAGATGTATTGGGAAGAGAGAGAGAATGACAATTATTTTGGAAAAACTGGAGATGGCTAGAATGTCAATTATTTTGGGACGGAGGGAGTATTGTCTAATTTTAGCTTTGATCTCTGAACTGAAAGTGACACTTTTTGAAATGTTGAGAAAACATATAAGAAAACGAAATACTTTTTTATTCTGGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACTGGT 4 0 3' arm Cynodon_dactylon mirnest MIR1122 0.000004 osa-MIR1862e 0.00001 -68.365 .(((.....))).(((((.((((((.(((.((((((((((((((((((..(((((((((((((((((((((.(((...............................))).))))...((...............(((((((...(((.....................))).)))))))..............)))))))))))))))))))..))))))))))))))))..)).))).)))))).))))).......... (-68.365)