mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AAACCTATGTTGTTCAAGGGT CCTTGAATAACTCAGGGCTTA AGTACAACCGACCCTTGAATAACTCAGGGCTTAGGGACACAGCTGAATATTCGGGTGTAATTTATAGCTGGCCCTCCTTACGTGTGCTTCCTCCACCTCCAGGATTTCGCATCTGTGGAATTTACTACTGAAAAAGATTTGCATATAAGTGGGCCCCGCACAGTTCAAACCTATGTTGTTCAAGGGTCAACTGCAC GCGCCTCTTCGGAATTCGGCACGAGGCAGAAACAATGCGAATGTATGAGATTCAGGATCCTTGAAAAGGCTCTGGGGATTTTACCTTGAAATACCAAATTCTTGGTGAGGCCTTTTGCCATTACTGCGTTCCCACCTTGGAGAAGTCTGGTCGATGGGCGGCAGACCTGAAGTTCCTGAGCTCCTTCTCAGCTGTGGAGTTGGCAGACTAGTCCTACTGTTTAGCCCCTGTGGAATAATTTAACAATGGTTAAAATTGTCACCCTATAATATGCCATAAATGTGATACTCAAGATGGTACATGAAAATAGCAATACAAAGTACAACCGACCCTTGAATAACTCAGGGCTTAGGGACACAGCTGAATATTCGGGTGTAATTTATAGCTGGCCCTCCTTACGTGTGCTTCCTCCACCTCCAGGATTTCGCATCTGTGGAATTTACTACTGAAAAAGATTTGCATATAAGTGGGCCCCGCACAGTTCAAACCTATGTTGTTCAAGGGTCAACTGCACGTTTTTAGCATGCACAGGAGAAACAGAACATTTT 5 0 3' arm Sus_scrofa mirnest mir-649 0.0000000008 100 -50.8 .........((((((((((((((..((((((((((.((((..((((....))))))))..))))..((.(((((..((((.(((((..((...........(((((((((....)))))))))............))..))))).)))).)))))..))..))).....)))..))))))))))))))........ (-50.8)