mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGGTAGCCAAGGATGACTTG GTCTCCTTGGCTAACTTGAC AGAGTCTTGTTTGGTAGCCAAGGATGACTTGCCTGCTCCATTGTAGGAGGTTTCCGAAAAAATGCAGACATGTATAATTTCGAAACCCCTGTTTCGTTTCAGGCAGTCTCCTTGGCTAACTTGACTGGCTCT 2 2 5' arm Populus_trichocarpa pmrd MIR169_5 1e-69 ptc-MIR169i 1e-65 -60.39 ((((((..(((.((((((((((((.((((.(((((........((((.((((((.((((..(((((....)))))..))))))))))))))........)))))))))))))))))).))).))).)))))) (-60.39)