mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAATGCCCCTAAAAATCCTTAT GAGGGACTTTCAGGGGCAGCTGTG CGGAGGGTGTTCGAGGACAGCAAGAAAAATGAGGGACTTTCAGGGGCAGCTGTGTTTTCTGACTCAGTCATAATGCCCCTAAAAATCCTTATTGTTCTTGCAGTGTTCATCGGGCAGCA GGGGGTGGGGGGTGAAGCCGGCCACTGACCAGGCCATGCATTGGAGAGAATCGTGTCGCTGTGGAGTTCCTGCAGCCACCTGACTGGCCACAGCGCATCCCCCCAGAGGGGGACAGTGTCAGGCAGGGGCCACCGTCTACACCTCAGCTTGCCTGGGCCGGCCAACTGCTGACTCACCGGAGGGTGTTCGAGGACAGCAAGAAAAATGAGGGACTTTCAGGGGCAGCTGTGTTTTCTGACTCAGTCATAATGCCCCTAAAAATCCTTATTGTTCTTGCAGTGTTCATCGGGCAGCAGCACCTGCCTGCCCCTGCCCACCTGGTGGCTCTGGGACGCGAAGGGCCCCCCGGGATCTGGTTGGGGTGTCCTCCCCCCATCCTTCGGAAATGAGACGAAGGGGGACGTGCTGAGGATGACAGCATTTAGTTGGGCAGTGCGCTGAGTTGCGTGTGCTTTTATCATTTCTT 3 2 3' arm Sus_scrofa mirnest mir-365 4e-41 cfa-mir-365-2 7e-52 -45.3 .......(((((((((((((((((((.((((((((..(((.(((((((..((((....(((...))).)))).))))))).))).)))))))).)))))))..))))).)))))))... (-45.3)