mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CCGATGCAGCATCATCAAGA TTGATGCTGCCGCATCGGCC TATATTTGCCGATGCAGCATCATCAAGATTCCCATCAGAAATTAAGGAACCTTTCGAGTAAAGGAGGTGACCGTGTACCACCCCAACTCAAGCCTTAAAGTTTGTGAATCTTGATGCTGCCGCATCGGCCAATATA 2 0 5' arm Populus_trichocarpa pmrd mir-172 7e-71 ptc-MIR172e 2e-71 -57.4 ((((((.((((((((.(((.(((((((((((....((((..((((((...(((..((((...((.((((.........)))))).)))))))))))))..)))).))))))))))).))).)))))))).)))))) (-57.40)